Trællerupskolen er organiseret i 2 afdelinger som hver især består af to teams. 

Indskolingen består af 0.- 3. klassetrin.
Mellemtrinet består af 4. - 6. klassetrin.
Udskolingen består af 7. - 9. klassetrin

Til udskolingen er der tilknyttet 7 lærere (herunder en læse- og matematikvejleder), som vil varetage den daglige og understøttende undervisning samt tilsyn i pauser.

Der er en teamkoordinator tilknyttet hvert team. Teamkoordinatorens opgaver er bl.a. at sørge for at indkalde til teammøder, orientere hele teamet om elevsager etc.